Inwestycja zakłada modernizację odcinka o długości 22 kilometrów. Wzmocniona jezdnia po przebudowie otrzyma szerokość 7 metrów. Wzdłuż niej powstanie też pobocze. Przebudowane zostaną też istniejące zatoki autobusowe, chodniki, zjazdy na teren posesji. Wytyczony został też ciąg pieszo-rowerowy na całej długości zaprojektowanego odcinka. Projekt uwzględnia też potrzeby osób niepełnosprawnych ( np. poprzez zaplanowanie ryflowanych (z wypustkami lub wgłębieniami)) elementów nawierzchni chodników i tworzących system informacji dla osób niewidomych).

Na całej trasie wykonane zostanie  nowe oznakowanie pionowe i poziome. W ramach przebudowy będzie poprawiona geometria  ważniejszych skrzyżowań. Oświetlone zostaną przejścia dla pieszych. W czasie prac nad drogą wojewódzką nr 559 niezbędny będzie także remont i przebudowa kilku przepustów.

W Kamieniu Kotowym na połączeniu z drogą wojewódzką nr 541 (Dobrzyń nad Wisłą-Sierpc) zaprojektowano 4-wlotowe rondo. Przewidziano też modernizację 200-metrowego fragmentu drogi nr 541, przy którym przewidziano miejsce do ważenia pojazdów. Ze względu na to, że drogę przekraczają między innymi łosie, przewidziano niestandardowe, łagodne profilowanie skarp na odcinku leśnym. Pod drogą znajdzie się też 25 przepustów dla niewielkich zwierząt. Dzięki współpracy z samorządami lokalnymi przy trasie powstaną też ciągi pieszo-rowerowe na odcinkach Lipno-Wierzbick oraz Jasień-Kamień Kotowy.